2012年6月22日，福州铁路运输检察院由南昌铁路局整体移交中共福建省委、福建省人民检察院，实行属地管理，纳入国家司法管理体系。作为福建省人民检察院的派出机构，福州铁路运输检察院政法专项编制34名，内设机构5个,对福建铁路2800多公里线路上所发生的各类站车刑事犯罪案件依法行使检察权。近年来，该院在党委、上级检察院的正确领导下，围绕铁路检察工作重点，强化检察监督，深化改革创新，狠抓队伍管理，夯实基层基础，努力开创工作新局面。一是加强服务保障，重视铁路线下安全隐患解决。二是聚力司法反腐，打造阳光廉洁示范铁路。三是顺应改革要求，全面落实司法责任制改革。先后被授予第二届“全国先进基层检察院”、南昌铁路局“先进单位”等荣誉称号。